Este método fue creado por el alemán Joseph H. Pilates (1880-1967) a comienzos del siglo XX.
Joseph Pilates fue un niño enfermizo preso en la carcel de Alabama, lo que le llevo a desarrollar un peculiar sistema de acondicionamiento fisico y mental llamado "Contrología" que definió como "la ciencia y el arte del desarrollo coordinado Cuerpo-Mente-Espiritu a través de movimientos naturales bajo estricto control de la conciencia". Para desarrollar esta disciplina se basaba en sus conocimientos de distintas especialidades como gimnasia, traumatología, ballet y yoga, uniendo el dinamismo y la fuerza muscular con el control mental, la respiración y la relajación, e incluyó elementos de los antiguos griegos (de cuya civilización era un apasionado) y romanos y la danza además de aplicar sus conocimientos de fisica y biología. De esta manera, con el tiempo llegó a ser un gran atleta. 
Fue en Inglaterra donde comenzaría a desarrollar su método al ser internado durante la Primera Guerra Mundial, debido a su nacionalidad alemana, en un campo de concentración. Trabajando como enfermero, desarrolló una metodología para mejorar el estado de salud de otros internos mediante el ejercicio. Para los más débiles y enfermos montó sobre las camas un sistema de poleas y cuerdas para ejercitar los músculos, lo cual fue el origen de algunas de las posteriores máquinas por él ideadas (reformer, trapecio, silla y barril). Con el tiempo desarrollaría un gran número de ejercicios para ser realizados en ellas, así como otros para ser practicados simplemente en el suelo, sobre una colchoneta.
En 1923 se trasladó a Estados Unidos y montó en Manhattan, junto a su esposa Clara, un estudio para enseñar su método
En 1926 abrió su primer estudio en la octava avenidad de Nueva York, atrayendo rápidamente a personalidades famosas de la ciudad. Se hizo popular en el mundo de la danza, llegando su método ser parte del entrenamiento de bailarines y bailarinas.
Tras su muerte a los 87 años, dado que no existía ninguna línea de sucesión o testamento, su esposa Clara heredó y perfeccionó el estudio de Nueva York difundiendo desde allí el Método.
Posteriormente, en 1970 Romana Kryzamowska, una antigua alumna y bailarina, se hizo heredera oficial de la técnica y directora del Estudio. Simultáneamente, otro discípulo, Ron Fletcher, abrió su centro en Los Ángeles. De este modo fueron surgiendo diferentes estudiantes certificados quienes difundieron el Método Pilates por el resto de EEUU y Europa.



